メニューの出し方

結局、メニューすらWidgetの一部な訳だった。stage-assistant.jsに以下の行を書き込む。
（要するにアプリ起動時のJavaScript）

（アプリケーション名）.MenuAttr = {omitDefaultItems: true}; //標準のメニューを一端削除

（アプリケーション名）.MenuModel = {
     visible: true,
     items: [
          {label: "About （アプリケーション名）...", command: "do-about（アプリケーション名）"},//他にもメニューに加えたいなら、　label：とcommand：で加えていく。
          Mojo.Menu.editItem,
          Mojo.Menu.prefsItem,
          Mojo.Menu.helpItem
     ]
};

あと忘れてはいけないのは、メニューで選択された場合の処理。prototype.handleCommandで定義しておく。

StageAssistant.prototype.handleCommand = function(event) {
    if(event.type == Mojo.Event.command) {
        switch(event.command) {
            case "do-about（アプリケーション名）":　//他のメニューを作った場合はcase が増える。
                var currentScene = this.controller.activeScene();
                currentScene.showAlertDialog({
                    onChoose: function(value) {},
                        title: "（アプリケーション名） — v#{version}".interpolate({
                        version: （アプリケーション名）.versionString}),
                        message: "Copyright xxxx",
                        choices:[
                            {label:"OK", value:""}
                        ]
                });
            break;
        }
    }
};

 メニューを作成したSceneの-assistant.jsに、以下の行を書き込む。

this.controller.setupWidget(Mojo.Menu.appMenu, （アプリケーション名）.MenuAttr, （アプリケーション名）.MenuModel);

これで大丈夫なはず。